On nous prend pour des cons ou quoi ?

Contexte : Arlington National Cemetery, Arlington, Virginie. On parle d'un cimetière national et historique où les soldats des plus grands conflits des 200 dernières années sont enterrés, et où on retrouve également la dépouille de plusieurs présidents américains.

Deux hypothèses :

1) Soit les avertissements sont affichés a priori (pour éviter les cons).

2) Soit les avertissements sont affichés a posteriori (pour éviter le retour des cons).

Malheureusement, je vote pour la seconde option.

"Quessé tu fais dans vie, Nick ?"

Après un certain temps passé ici, plusieurs amis me demandent sérieusement pourquoi on peut bien vouloir accepter une bourse postdoctorale en biochimie à Yale pour aller y faire de la résonance magnétique nucléaire (RMN) des protéines ? Plein de trucs, mais quand on s’intéresse aux enzymes et à leur pouvoir catalytique, on fait grosso modo du travail d’ingénierie nanomoléculaire (ou devrais-je plutôt dire que l’on « tente » d’en faire). On tente de modifier les enzymes, de les adapter à nos fins, mais on tente avant tout de comprendre leur fonctionnement moléculaire.

Suite à la publication de mon premier article spécialisé depuis mon arrivée aux États-Unis, j’ai récemment pris quelques minutes pour vulgariser certains aspects de ma recherche à quelques amis qui se demandaient sérieusement quelle était mon « utilité » sur cette planète.

Ainsi donc, qu’est-ce que ça veut dire « The Flexibility of a Distant Loop Modulates Active Site Motion and Product Release in Ribonuclease A » ? Pour ceux qui ont une petite base scientifique et qui pourraient s’y intéresser, voici donc en quelques mots :

En étudiant divers mutants la ribonucléase A (ou RNase A) à titre de modèle enzymatique classique, on démontre dans ce papier que la dynamique d'une boucle de résidus qui se situe loin du site actif chez cette enzyme est essentielle à son activité catalytique et que la boucle en question « bouge » à la même vitesse que l’événement catalytique.

Concrètement, qu’est-ce que ça implique ? Plusieurs trucs, mais en gros :

1) Cela démontre que les motions moléculaires et les événements dynamiques peuvent être aussi importants que la structure et/ou la séquence d’acides aminés pour assurer l’activité d’une enzyme. Ceci est un concept relativement nouveau qui pourrait nous aider à faire un bon bout de chemin au niveau de la compréhension du rôle entre la structure des protéines et leur fonction biologique.

2) Puisque la fonction biologique d’une enzyme est une propriété sélectionnée par l’évolution, cela suggère que les différentes conformations dynamiques adoptées par une protéine en solution ne sont pas aléatoires (comme on a trop souvent tendance à le croire), mais qu’elles sont plutôt le résultat d’une sélection évolutive de conformères essentiels à sa fonction.

3) Côté pratique, cela démontre qu’on ne peut plus ignorer les motions moléculaires dans le design de nouveaux catalyseurs enzymatiques appliqués à des fins industrielles, médicales, pharmaceutiques et/ou environnementales. Malheureusement, faute d’information concrète à ce sujet et d’outils à leur disposition, les ingénieurs des protéines ont souvent tendance à ne pas en tenir compte, ce qui réduit souvent considérablement l’efficacité des nouveaux catalyseurs enzymatiques développés à des fins pratiques.

Voilà. Y'a encore du monde éveillé dans la salle ? ;-)

Guillements inutiles

On connaît tous quelqu'un qui utilise trop les points de suspension, les points d'exclamation ou la ponctuation dans son style d'écriture. Ce blogue répertorie l'utilisation abusive et parfois ironique des guillemets dans les publicités de commerces américains. Trop tordant.

This is why you're fat

Quand les extravagances américaines passent de l'appétissant au dégoûtant :

http://thisiswhyyourefat.com/

Street Sweeper Social Club

Hey Morello! Enough with the side projects, ok? Can we just get a new RATM album already? SSSC is not bad but it really only makes you crave for a new Rage CD... Fans, enjoy anyway!

Les avancées de la science moderne

Puisque j’ai plusieurs amis biochimistes qui n’ont pas accès à Facebook (ou qui n’ont pas nécessairement les mêmes amis que moi), je me permets de transcrire ici une discussion que nous avons eue il y a quelques jours concernant des avancées modernes de certains domaines scientifiques. Pour l’instant, ça stagne, mais je me promets d’ajouter les commentaires manquants s’il en apparaît d’autres. Votre opinion est la bienvenue. 

(Stéphane) 

…had lunch with the 1973 Nobel laureate in physics today, nice guy!

(Steve) 

Est-ce que ça t'a donné le gout d'essayer une "vraie" science pour changer... ;-)

(Stéphane) 

C'est drôle que tu me demandes ça Steve, car le type, après avoir eu son Nobel, a décidé de faire de la biologie cellulaire. Je lui ai demandé pourquoi et il m'a dit qu’il ne restait rien à trouver en physique. Que toutes les lois ont été découvertes... Haha !

(Nicolas) 

Comme quoi certains récipiendaires du Nobel devraient souvent se la fermer après avoir gagné leur prix, car ils ne le remportent certainement pas en raison de leurs opinions tranchées (pensons à Watson !).

Je connais pas mal de physiciens qui ne seraient pas du tout d'accord avec ça. Parlons-en à ceux qui cherchent à unifier la mécanique quantique à la relativité générale. Les deux théories sont valables, mais inconciliables entre elles, démontrant qu'il y a quelque chose qu'on ne saisit pas bien.

Le problème, c'est que chaque génération qui s'accomplit s'imagine avoir tout découvert, comme s'ils étaient les derniers grands génies à fouler le sol de cette Terre... Je suis même prêt à parier qu'il y a pas mal de biologistes qui pensent la même chose de leurs accomplissements.

(Steve)

Cassé !

(Stéphane)

Je suis d'accord avec toi Nicolas. Toutefois, les progrès en physique semblent se faire à pas de tortue comparativement aux progrès en biologie.

(Stéphanie)

Si c'est Brian Josephson, il me semble qu'en plus de la bio. Cell., il s'est aussi lancé dans la parapsychologie. Et il n’a pas fait grand-chose en bio. cell. Comme quoi on peut avoir un Nobel à 33 ans et s'enliser un peu ensuite. On s'enlise classe, mais on s'enlise.

(Nicolas)

Tu sais Stéphane, pour moi tout ça n'est souvent qu'une question de perception. Étant ici dans un labo de RMN des protéines, pour certains de mes collègues RMNistes, la "biochimie" se résume souvent seulement à exprimer et à purifier une protéine...

Même au point où nous en sommes, je suis régulièrement sidéré de les voir complètement ahuris lorsque je leur présente de la recherche qui n'utilise aucune méthode de détection spectroscopique ou qui ne parle que d'avancées en biologie moléculaire (comme si tout ça était évident pour eux).

Pour certains, le dernier développement biochimique digne de ce nom, c'est la mutagenèse dirigée ! À les entendre parler, c'en est même parfois arrogant : comme s'il n'y avait point de salut en dehors de ce qu'ils font. 

Sur ce, ce n’est pas parce que les physiciens n’ont pas encore trouvé de moyen de voyager dans le temps qu’ils n’avancent pas. Tout comme ce n’est pas parce qu’on n’a pas encore trouvé de cure au cancer qu’on n’avance pas... ;-)

(Stéphanie)

Sincèrement, vous trouvez que la biologie avance beaucoup en ce moment ? Techniquement peut-être, mais en terme de compréhension, il me semble qu'on en est pas mal au point de se rendre compte que justement, on ne comprend pas grand-chose. C'est bon pour la modestie, mais ça ne nous avance pas vraiment.

Est-ce qu'on va surexprimer ou knocker une à une toutes les foutues protéines du génome et voir ce que ça fait dans des HEK, des CHO, des souris, des droso, des vers, des tubes à essai ? Remarque, c'est un bon moyen pour avoir du travail pour longtemps, mais j'ai vraiment hâte de voir un petit génie, physicien, mathématicien, biologiste, musicien ou peut-être tout en même temps nous faire comprendre/sentir/entendre une voie peut-être un peu plus élégante. Pour simplement attaquer tout ça de manière efficace et consistante (désolée pour l'anglicisme).

(Stéphane)

Je ne suis pas d'accord. Les progrès sont énormes ! IPS cells ? Les génomes de cancers qui se font séquencer, les thérapies ciblées pour le cancer, les percées dans la compréhension entre les cellules tumorales et le stroma. Je dois admettre qu'à côté de ça l'avancement en physique, c'est de la p’tite bière... Et il ne s'agit que d'une petite fenêtre en biologie du cancer.

(Alexandre)

Les connaissances en physique dite fondamentale n'ont pas vraiment progressé depuis 30 ans (plusieurs physiciens commencent maintenant à l'admettre). En bio, les avancées sont énormes durant cette même période, surtout en génétique grâce aux avancées technologiques. Mais oui il reste beaucoup à faire pour comprendre toutes les fonctions/interactions. En physique, il n'y aura pas de progression dans les connaissances et d'unification des théories de la relativité et quantique tant que les physiciens n'accepteront pas que ces théories ne correspondent pas du tout a la réalite, même si leurs équations décrivent très bien les observations. Les théories unificatrices comme celles des strings ne sont que des constructions mathématiques qui n'ont aucun lien avec la réalité.

(Stéphanie)

Finalement, c'est vraiment bien Facebook, ça fait longtemps que je n'avais pas assisté à une discussion aussi intéressante ! Cela dit, technologiquement on est d'accord : les avancées sont trépidantes, gigantesques, etc. Mais il n'en reste pas moins que notre compréhension ne suit pas le rythme. En tout cas pas pour l'instant.

(Nicolas)

Alexandre, tu prouves exactement mon point. L’exemple de la théorie unificatrice, je l’avais sorti pour montrer à Stéphane que la physique n’était pas une science morte et qu’il restait encore beaucoup à comprendre dans le milieu. Ce que tu confirmes. Sur ce, il est vrai que ce sous-domaine de la physique moderne n’est pas le plus dynamique qui soit. Mais encore, on choisit bien de regarder les sous-domaines des disciplines que l’on veut bien.

Stéphane me parle de la biologie du cancer, soit. C’est un bon exemple pour démontrer les avancées de la biochimie contemporaine qui, soit dit en passant, demeure très bien financée comparativement à d’autres domaines de recherche (ce qui explique en partie la vitesse des découvertes). Mais qu’en est-il des sous-domaines de l’évolution dirigée, des anticorps catalytiques, de l’enzymologie, etc. ? Je m’excuse, mais ça aussi c’est de la biochimie. Et ça stagne pas mal (tout comme certaines des techniques dont nous mentionne Stéphanie). Encore une fois, je répète qu’il s’agit d’une question de perception : on choisit de lire la littérature des domaines qui nous intéressent et d’ignorer ce qui ne nous intéresse pas en se convainquant que rien ne s’y passe d’intéressant...

Sur ce, je trouve plutôt comique qu’un biochimiste (en l’occurrence moi) soit en train de prendre la défense des physiciens. Ne sont-ils pas capables de se défendre eux-mêmes ? I’m on your side guys! ;-) Récapitulons. Personne ici ne remet en question les avancées de la biologie moléculaire moderne (surtout pas moi), mais il faudrait arrêter de s’imaginer que les physiciens sont des êtres reclus à la Einstein qui sont obsédés par les mystères de l’univers et par leurs équations incompréhensibles. Des physiciens modernes qui travaillent dans des sous-domaines dynamiques et révolutionnaires de la physique, ça existe pas mal plus que vous vous imaginez, même si vous ne portez pas attention à leur littérature et même si ça n’affecte pas directement le domaine de la santé.

Prenez par exemple la RMN des protéines. Le prix Nobel de Wüthrich en 2002 a beau être en chimie, il n’en demeure pas moins que tous les développements de la technique sont exclusivement physiques. Et là, on ne parle pas uniquement des chimistes et physiciens qui ont eu l’idée d’utiliser la RMN pour étudier des molécules biologiques, on parle de l’effort concerté de physiciens et de chimistes physiciens modernes qui ont, dans les 15 dernières années, littéralement « inventé » le domaine. Stéphane, étant prof dans la même université que Lewis Kay, you should know better! ;-)

Du développement des spectromètres RMN à haut champ magnétique (600-700-800-900 MHz), à l’écriture des séquences d’impulsion, à la RMN multidimensionnelle, en passant par le développement du TROSY, des séquences CPMG qui nous permettent d’étudier la dynamique des enzymes *pendant* l’événement catalytique (écrites par mon boss d’ailleurs) ;-), tout ça c’est du nouveau. En fait, ce n’est pas compliqué, le postdoc que je fais actuellement, je n’aurais tout simplement pas pu le faire il y a 10 ans tellement le domaine était précaire.

Je vous parle d’un exemple, mais les physiciens pourraient vous en nommer des tonnes d’autres (supraconductivité, physique des lasers, particules subatomiques, etc.). Les numéros hebdomadaires de Science sont bourrés d’avancements en physique. Pour s’en rendre compte, il suffit d’ouvrir les yeux. Et l’esprit. ;-)

Le mystère et la musique

J.J. Abrams, vous connaissez ? J'espère bien. Co-créateur de Lost, il a aussi créé Alias en plus de réaliser Mission Impossible III et le nouveau Star Trek. Il nous écrit un article très intéressant dans le numéro d'avril de Wired, dont le sujet principal traite de cet art perdu du mystère dans cette vie de fou où toutes les réponses sont disponibles à l'instant, sans effort, instantanément, là. Puisqu'elle s'applique bien à ce qui me plaît, je choisirai de vous faire part d’une section marquante :

“Think back, for example, to how we used to buy music. You would have to leave your apartment or house and actually move your ass to another location. You'd get to the store, where music would be playing on the stereo. Music you may not have heard before. Perhaps you'd ask the clerk what it was and she'd send you to a bin—those wooden containers holding actual albums or CDs—and you'd look through it, seeing other album covers that might catch your eye. You'd have a chance to discover something.

But wait, you say, iTunes gives you the chance to browse! To that I nod, concede the point, and say, "Bullshit." Those little icons you scroll past mean almost nothing to most of us. Why? Because we didn't get on the train, brave the weather, bump into strangers, and hear music we didn't choose. In other words, we didn't earn the right to casually scan those wooden bins. Lately I go to Amoeba Music in Hollywood just to watch people flip through albums. It's a lost art.

Sure, in the days before recorded music, you'd need a live performance to hear music at all. So isn't technology actually enriching our lives? Well, of course. This is not meant to be an antitechnology diatribe—some clichéd Luddite treatise (in an issue of Wired, no less). On the contrary, I'm a massive fan of most everything electronic. I use, appreciate, and drool over far too many high tech innovations. I'm an embarrassed whore for the stuff. But tech has made us thankless. Back in the day, it would've been unthinkable to go to the music store, actually purchase a record, and then get home and not listen to it. But today? How many of us have downloaded albums or songs that are still sitting, months or years later, unplayed in our iTunes library? My hand just slowly went up, too.”

À part le message évident qui ressort de cette réalité, qu'est-ce qui frappe l'imaginaire ici ? Amœba. Le magasin de disques d’occasion le plus incroyable qu'il me fut donné de voir dans ma vie. Je souhaite à tout amateur de musique de laisser tomber ses mp3 pour quelques heures et de s'y déplacer s'il en a la chance. 

Le mois dernier, mon ami Bobby et moi y avons passé plusieurs journées à visiter les trois principales succursales : Berkeley, San Francisco et Hollywood. Je ne vous dirai pas la quantité de CDs qui sont revenus à la maison avec moi, vous ne me croiriez pas... Fascinant.

A once in a lifetime opportunity!

Question existentielle

J'ai déniché cette pub sur Internet cette semaine :

Je ne sais pas pour vous, mais moi j'ai toujours trouvé que le contraire était cent fois plus difficile à faire :

Want a job, but can't quit your degree?

Littéralement l'histoire de ma vie...

Ô Canada : réveille-toi !

J'en ai parlé maintes et maintes fois sur ce blogue et un article du Devoir paru cette fin de semaine confirme ce que je m'évertue à crier à mon entourage depuis que j'habite aux États-Unis : la situation du Canada au niveau technologique ne fait pas juste dur, elle est désormais pratiquement rendue famélique.

Ô Canada : réveille-toi ! Et pour les souverainistes dans la salle, sachez ce n'est guère mieux au Québec...

L'article du Devoir démontre qu'Internet est tellement mal en point au Canada que ça commence à se faire ressentir de manière très sérieuse chez les grandes entreprises et dans les milieux artistiques. Or, lorsqu'on habite à l'extérieur et qu'on voit ce qui se fait ici, on le ressent personnellement à chaque fois qu'on rend visite à la famille québécoise.

Aux États-Unis, il est possible de « vivre sur Internet » en public à peu près tout le temps. Je veux dire par là qu'on peut facilement se promener en ville et capter des tonnes de réseaux sans-fil tout à fait gratuitement à l'aide de son ordinateur portable ou de son iPod Touch. Centres commerciaux, cafés, boutiques, etc., les réseaux sans-fil pullulent et ils sont volontairement laissés sans protection pour les clients. Ici, les commerçants ont compris que si le compétiteur donne un accès gratuit au web à son client, ce dernier n'hésitera pas à se déplacer pour aller acheter ses trucs à cet endroit. Résultat ? Internet est omniprésent.

À chaque fois que je retourne au Québec, je suis sidéré de me retrouver dans les années 1950 des réseaux sans-fil publics. À part un ou deux endroits au centre-ville de Montréal, wi-fi networks are nowhere to be found.

Les gens en ont marre d'avoir à payer un forfait de 75 $ par mois pour avoir accès à Internet sur leur téléphone portable. Avec un iPod Touch et un réseau sans-fil à proximité, on a l'équivalent et on ne paye pas un rond. Et c'est vachement pratique. T’es au centre commercial, tu vois un truc à 19.99 $ qui t'intéresse spontanément et auquel tu n'avais pas songé à la maison ? Hop sur le iPod : deux à trois minutes de magasinage virtuel et tu trouves l'objet à 15.99 $ dans le même centre commercial ou ailleurs sur Internet. Tu ne te souviens plus où se trouve telle ou telle boutique et t'as oublié de traîner ton GPS ? Hop sur le iPod : deux ou trois minutes de Google Maps et tu y es.

La planète occidentale vit au 21e siècle technologique et la planète orientale touche pratiquement au 22e siècle du web 2.0. Le Canada, lui, se promène encore à cheval.

L'authentique n'est guère mieux

Trop fort... J'apprends cette semaine que la conférence de presse de Miss California postée plus tôt ici est une parodie de la conférence de presse délivrée par vraie Carrie Prejean. 

Bien évidemment moins cinglante que la parodie, l'authentique demeure néanmoins bourrée de clichés, de déclarations américaines patriotiques basées sur leurs supposées "libertés" (comme si la majorité des autres peuples de la planète était moins "libre" qu'eux) et sur le réconfort de ne jamais avoir à se remettre en question en se réfugiant dans des formules toutes faites comme "We should all agree to disagree", "God is on our side" et "It's written in the constitution". 

Typique.